ลักษณะภูมิประเทศ

           สภาพพื้นที่โดยทั่วไปเป็นภูเขา มียอดเขาสูงสุดจากระดับน้ำทะเลปานกลางสูงประมาณ 500 เมตร พบถ้ำผลึกแคลไซต์อยู่บนไหล่เขาสูงประมาณ 500 เมตร จากระดับน้ำทะเลปานกลาง ปากถ้ำเป็นปากอุโมงค์ซึ่งหยุดผลิตแร่ฟลูออไรต์ พบแหล่งน้ำพุร้อนในลำห้วยแม่ฮุ ซึ่งห่างจากปากถ้ำประมาณ 800 เมตร ปัจจุบันแหล่งน้ำพุร้อนดังกล่าวถูกน้ำท่วมเนื่องจากการสร้างฝายแม่ฮุ ชนิดหินในพื้นที่เป็นหินปูน และมีแร่ฟลูออไรด์ แร่แคลไซต์ ชนิดดินเป็นดินร่วนปนทราย และดินลูกรัง

ลักษณะธรณีวิทยาและดิน

            ลักษณะธรณีวิทยา ถ้ำแก้วโกมลเป็นหินยุคออร์โควิเชียน หินบริเวณถ้ำแก้วโกมลเป็นหินปูนสีเทาและเทาดำ ชั้นบางถึงหนา เนื้อแน่น แทรกสลับด้วยหินดินดานสีเทาและน้ำตาล อายุของหินอยู่ในช่วงยุคออร์โดวิเชียน (ประมาณ 440-500 ล้านปีก่อน) พื้นที่บริเวณนี้มีความสัมพันธ์กับโครงสร้างทางธรณีวิทยาแบบรอยเลื่อน โดยพบรอยเลื่อน ขนาดใหญ่วางตัวในแนวตะวันออกเฉียงเหนือ-ตะวันตกเฉียงใต้ เอียงตัวประมาณ 40-50 องศา และพบรอยเลื่อนขนาดเล็กอีกหลายแห่ง ซึ่งผลึกแร่แคลไซต์ (CaCo3) และแร่ฟลูออไรต์ (CaF2) ที่ตกผลึกภายในถ้ำแก้วโกมลนี้มีความสัมพันธ์กับรอยเลื่อนดังกล่าวที่พาน้ำแร่ร้อนจากใต้ดินมาตกผลึกภายในโพรงหินปูน จนกระทั่งเกิดเป็นผลึกแร่รูปร่างสวยงามดังที่เห็นในปัจจุบัน ภายในถ้ำพบผลึกแร่แคลไซต์และแร่ฟลูออไรต์ ที่มีความสมบูรณ์เกาะติดบริเวณผนังถ้ำจำนวนมาก มีรูปแบบที่หลากหลายโดยเฉพาะผลึกแคลไซต์จะมีรูปผลึกแบบเข็มและรูปผลึกแบบปะการัง สีขาวบริสุทธิ์ ส่วนแร่ฟูลออไรต์จะมีผลึกสีน้ำตาล ลักษณะถ้ำ มีทางเข้า-ออกทางเดียว ความลึกประมาณ 30 เมตร ภายในค่อนข้างแคบ กว้างสุดไม่เกิน 10 เมตร และส่วนที่แคบสุดประมาณ 1 เมตร