1. บริหารจัดการเพื่อคุ้มครอง อนุรักษ์ รักษาพันธุ์พืชและความหลากหลายทางชีวภาพในพื้นที่อนุรักษ์และการเข้าถึงการใช้ประโยชน์ของพันธุ์พืช
2. ศึกษา วิจัยเกี่ยวกับพันธุ์พืช และความหลากหลายทางพันธุ์พืชในพื้นที่ป่าอนุรักษ์

1. อนุรักษ์ รักษา และขยายพันธุ์พืชป่าที่หายากและใกล้สูญพันธ์ุของประเทศไทยให้เป็นไปตามสนธิสัญญาที่เกี่ยวข้อง
2. ควบคุมและตรวจสอบการส่งออก นำเข้า หรือนำส่งต่อเพื่อการค้าซึ่งชนิดพันธุ์ของสัตว์ป่าที่ระบุไว้ในบัญชี หมายเลข 1 หมายเลข 2 และหมายเลข 3 ของอนุสัญญาว่าด้วยการค้าระหว่างประเทศซึ่งชนิดสัตว์ป่าและพืชป่าที่ใกล้สูญพันธ์ุ (CITES)
3. ประชุมเจรจาระหว่างประเทศและประสานกับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินงานตามอนุสัญญาว่าด้วยการค้าระหว่างประเทศซึ่งชนิดสัตว์ป่าและพืชป่าที่ใกล้สูญพันธุ์ (CITES) และอนุสัญญาที่เกี่ยวข้องกับการอนุรักษ์สัตว์ป่าและพืชป่าทั้งภายในประเทศและต่างประเทศ

คณะรัฐมนตรี มีมติเมื่อวันที่ 16 กันยายน 2557 เห็นชอบแผนปฏิบัติการงาช้างแห่งประเทศไทย ฉบับแก้ไข เพื่อควบคุมและแก้ไขปัญหาการค้างาช้างภายในประเทศการลักลอบค้างาช้างระหว่างประเทศ ดังนั้น กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช จึงมีคำสั่งกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช ที่ 333/2558 ลงวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2558 จัดตั้ง "กลุ่มงานควบคุมการค้างาช้าง" ขึ้นเพิ่มเติมภายใต้สังกัดกองคุ้มครองพันธุ์สัตว์ป่าและพืชป่าตามอนุสัญญา เพื่อรองรับการดำเนินงานตามแผนปฏิบัติการงาช้างแห่งประเทศไทย ฉบับแก้ไข ดังกล่าว ทำให้ กคส. มีหน่วยงานในสังกัดจำนวน 1 ฝ่าย 6 กลุ่มงาน และ 1 งาน ดังนี้ 

1. ฝ่ายบริหารทั่วไป
2. กลุ่มงานควบคุมและตรวจสอบการค้าสัตว์ป่าระหว่างประเทศ
3. กลุ่มงานวิชาการด้านพันธุ์สัตว์ป่าและพืชป่าตามอนุสัญญา
4. กลุ่มงานประสานงานและเสริมสร้างความร่วมมือระหว่างประเทศ
5. กลุ่มงานด่านตรวจสัตว์ป่า
6. กลุ่มงานวิจัยพันธุ์พืชป่ามีค่า หายาก และใกล้สูญพันธุ์
7. กลุ่มงานควบคุมการค้างาช้าง
8. งานสนับสนุนผู้อำนวยการกองคุ้มครองพันธุ์สัตว์ป่าและพืชป่าตามอนุสัญญา

1. ส่วนอำนวยการ
2. ส่วนบริหารอนุสัญญา
3. ส่วนอนุญาตการค้าสัตว์ป่าระหว่างประเทศ
4. ส่วนด่านตรวจสัตว์ป่า
5. ส่วนควบคุมงาช้าง
6. ส่วนจัดการสัตว์ป่าต่างประเทศ

1. ส่วนอำนวยการ
2. ส่วนบริหารอนุสัญญา
3. ส่วนอนุญาตการค้าสัตว์ป่าระหว่างประเทศ
4. ส่วนด่านตรวจสัตว์ป่า
5. ส่วนควบคุมงาช้าง
6. ส่วนจัดการสัตว์ป่าต่างประเทศ
7. สำนักงานต่อต้านการค้าสัตว์ป่าที่ผิดกฎหมาย