ส่วนจัดการทรัพยากรต้นน้ํา มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
๑) กําหนดมาตรการ รูปแบบ แนวทางปฏิบัติ การบริหารจัดการทรัพยากรต้นน้ํา
๒) บูรณาการกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องด้านการบริหารจัดการทรัพยากรต้นน้ํา
๓) กํากับ ติดตาม การดําเนินงานของศูนย์โครงการหลวงด้านป่าไม้
๔) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
ส่วนจัดการทรัพยากรต้นน้ํา กําหนดหน่วยงานภายในเป็น ๔ ฝ่าย ๑ ศูนย์ ดังนี้
๔.๑ ฝ่ายบริหารทั่วไป มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
๑) ปฏิบัติงานด้านงานธุรการและงานสารบรรณ
๒) ปฏิบัติงานด้านการเงิน บัญชี และพัสดุ
๓) ควบคุม ดูแล อาคารสถานที่ และครุภัณฑ์
๔) ปฏิบัติงานด้านการบริหารงานบุคคลหรือที่ได้รับมอบหมาย
๕) ปฏิบัติงานและประสานงานพัฒนาระบบราชการ
๖) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง
๔.๒ ฝ่ายจัดการทรัพยากรต้นน้ํา มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
๑) กําหนดมาตรการ รูปแบบ และแนวทางในการอนุรักษ์ ฟื้นฟู ทรัพยากรธรรมชาติ ในพื้นที่ลุ่มน้ําที่เหมาะสมและสอดคล้องตามหลักวิชาการ
๒) ประสานงาน และดําเนินการจัดเตรียมข้อมูลสําหรับการบริหารจัดการและฟื้นฟูพื้นที่ลุ่มน้ําในพื้นที่ป่าอนุรักษ์
๓) ประสานงาน ติดตามผลการดําเนินงาน และนําข้อมูล ปัญหา อุปสรรค และข้อเสนอแนะของหน่วยปฏิบัติมาวิเคราะห์ เพื่อให้คําแนะนําในการพัฒนาการอนุรักษ์ ฟื้นฟูระบบนิเวศรวมทั้งจัดเก็บ และรวบรวมข้อมูลผลการดําเนินงานที่เกี่ยวข้องกับหน่วยปฏิบัติการในพื้นที่
๔) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๔.๓ ฝ่ายสนับสนุนปฏิบัติการ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
๑) ประสานงานและดําเนินการจัดทําแผนงาน กิจกรรมโครงการหลวง โครงการพัฒนาพื้นที่สูงแบบโครงการหลวง และโครงการพิเศษอื่นๆ ที่เกี่ยวกับการอนุรักษ์และฟื้นฟูระบบนิเวศ
๒) จัดเก็บ รวบรวมข้อมูลผลการดําเนินงานโครงการหลวง โครงการพัฒนาพื้นที่สูง แบบโครงการหลวง และโครงการพิเศษอื่น ๆ ที่เกี่ยวกับการอนุรักษ์และฟื้นฟูระบบนิเวศของหน่วยงานในสังกัด
๓) ประสานงานหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง แสวงหาความร่วมมือเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ งานด้านการอนุรักษ์และฟื้นฟูระบบนิเวศ
๔) ประสานงาน ติดตามการดําเนินงาน ให้คําแนะนํา และสนับสนุนการปฏิบัติงาน ของโครงการและหน่วยปฏิบัติการในพื้นที่ด้านการอนุรักษ์และฟื้นฟูระบบนิเวศ
๕) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๔.๔ ฝ่ายคุ้มครองพื้นที่ต้นน้ํา มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
๑) ประสานงานและให้คําแนะนําในการปฏิบัติตามกฎหมาย นโยบาย และมติคณะรัฐมนตรี ที่เกี่ยวข้องกับการบริหารจัดการทรัพยากรน้ํา
๒) พิจารณาเสนอความเห็นและประสานงานกับหน่วยงาน องค์กรที่เกี่ยวข้อง ในการวิเคราะห์ ทบทวนกฎหมาย นโยบายและมติคณะรัฐมนตรีเกี่ยวกับพื้นที่ลุ่มน้ําในพื้นที่ป่าอนุรักษ์
๓) ปฏิบัติงานร่วมหรือสนับสนุนหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องในการปฏิบัติตามกฎหมายนโยบายและมติคณะรัฐมนตรี
๔) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๔.๕ ศูนย์โครงการหลวงด้านป่าไม้ จังหวัดเชียงใหม่ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
๑) บูรณาการงานวิชาการด้านการจัดการทรัพยากรต้นน้ํากับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ในพื้นที่ศูนย์พัฒนาโครงการหลวง และพื้นที่โครงการพัฒนาพื้นที่สูงแบบโครงการหลวง
๒) กํากับ ติดตาม การดําเนินงานของหน่วยปฏิบัติงานด้านการอนุรักษ์และจัดการต้นน้ําของศูนย์พัฒนาโครงการหลวง และพื้นที่โครงการพัฒนาพื้นที่สูงแบบโครงการหลวง
๓) ปฏิบัติงานหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานในพื้นที่ที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย